1.       海洋宏蛋白质组学和宏转录组学：与海洋碳、氮和磷等生源要素生地化循环相关的重要功能蛋白和基因等研究

2.       赤潮生物蛋白质组学和转录组学：与赤潮生物重要生理功能、赤潮爆发及毒素合成相关的功能蛋白和基因研究

3.       毒理蛋白质组学：模式生物中与海洋生物毒素和重金属污染代谢、转化和毒理相关的功能蛋白和基因研究

4.    滨海湿地系统的甲烷生物氧化机制及其调控及滨海湿地系统中微生物碳氮耦合过程