饵料微藻指需要借助显微镜才能观察到的一类可以被海水动物幼体摄食，并能满足它们营养需要的微型藻类的统称。目前世界上在海水人工养殖业中常用的饵料微藻约有20多种。我国在海水动物人工育苗中常用的饵料微藻主要有：硅藻类的牟氏角刺藻（Cheatoceros muelleri），三角褐指藻（Phaeodactylum trecornutum）、中肋骨条藻（Skeletonema costatum）、底栖舟形藻（Navicula sp.）、底栖卵形藻（Cocconeis sp.）；金藻类的绿光等鞭藻（Isochrysis galbana）及其3011品系和8701品系；绿藻类的亚心形四片藻（Tetraselmis subcordiformis）、海水小球藻（Chlorella sp.）和蓝藻类的钝顶螺旋藻（Spirulina platensis），以及裸藻类的纤细裸藻（Euglena gracilis）等。如下表。其实在大规模的海水养殖育苗生产中，各育苗场根据自己的实际情况，选择其中的2-3种藻类进行培养培育，就能满满足整个育苗过程的需要。

    扁藻（Platymonus spp.）适应性强，生长繁殖迅速，是许多贝类幼体（特别是后期幼体）的优良饵料。扁藻属于绿藻门、绿藻纲、团藻目、衣藻科、扁藻属。常用种类有青岛大扁藻和亚心形扁藻。

    盐藻属（Dunaliella sp.）中，主要培养种类是盐藻（D.salina Teod）。盐藻又称杜氏藻，嗜盐，在高盐水中培养，生长良好。盐藻富含甘油和β-胡萝卜素，是提取胡萝卜素的原料，培养刺参幼体效果良好。盐藻在分类上属于绿藻门，绿藻纲，团藻目，盐藻科，盐藻属。

   小球藻（Chlorella spp.）对环境的适应性强，营养丰富，多用于培养轮虫。小球藻在分类上属于绿藻门，绿藻纲，绿球藻目，卵孢藻科，小球藻属。常见的有蛋白核小球藻，其他有眼点小球藻，卵形小球藻，盐生小球藻和海生小球藻等。