藻类培养首先要有藻种。通常在海岸边退潮后留下的小水洼中或者在养殖场、盐场实验场、育苗场等地方的小水坑中，用一定方法把所需藻类个体分离出来，而后纯种培养。这种方法称为藻种分离和纯化，又称纯培养法。 真正的“纯种培养”是指在排除包括细菌在内的一切生物的条件下进行的培养。这是进行科学研究不可缺少的技术，而在生产性培养中不排除细菌的称之为“单种培养”。    

一、采样和预备培养

首先要采集有需要分离藻类的水样，采回后在显微镜下检查。如发现需要分离的藻类数量较多时，可立即分离。若数量很少，最好先进行预备培养，待其增多后，再分离。采样时要同时测定水样的温度和盐度，供分离、培养时参考。

用作预备培养的培养液，各种藻类是不同的，对一些难以培养的藻类一般用原位海水较好。预备培养液营养成分浓度应小些，一般只有原配方的1/6～1/2。如水样中藻类种类较多，就应使用几种不同的培养液，使藻类在适合于自己繁殖的培养液中繁殖起来。
  可用三角烧瓶或试管作培养容器，加入培养液。然后把经100微米筛绢过滤除去大型浮游生物的水样接种进去，放在培养箱模拟现场参数进行培养。在培养附着藻类时，容器可静止不动；而培养浮游藻类时，应该每天摇动一次。
  有的藻类在普通培养液中完全不能繁殖，有的繁殖非常困难。此时需改变培养液浓度，更换不同的培养基，加入原位海水就有可能获较好效果。 原位海水：采样点收集的海水，先后用100微米和0.45滤膜预过滤，使用前用0.22微米滤膜过滤。

二、   分离方法

微藻培养者根据各自的经验和习惯，创造了各式各样的藻种分离筛选方法，已有十几种之多。最常用的方法是微细吸管分离法、水滴分离法、稀释分离法、琼脂平板法。

1. 微细吸管（毛细管）分离法

此法是取得“单种”或“克隆”的最可靠的方法之一。选直径较细（约5毫米）玻管，在火焰上加热，待快熔时，快速拉成口径极细的微吸管。将稀释适度藻液水样，置浅凹载玻片上，镜检。

先用猪眼睑毛做成的解剖针，将水滴中杂物和不需要的藻细胞，拨向一边，将所需的藻细胞拨向另一边；对于有趋光性的鞭毛藻，可在一侧投入光线，则所要选的鞭毛藻游向有光一侧，杂质留在原处，这样用玻璃微细吸管吸取所需的藻细胞就比较容易。

用微吸管挑选要分离的藻体，认真仔细地吸出，放入另一浅凹载片上，镜检这一滴水中是否达到纯分离的目的。如不成功，应反复几次，直至达到分离目的为止。然后移入经灭菌的培养液中培养。

另外，对个体较大的种类，可在双筒解剖镜下操作，将微细吸管内的藻细胞轻轻吹入浅凹栽玻片上或栽玻片上的水滴中，为达到纯培养，微藻细胞最好经数次洗涤，即吹入另一滴之后，再吸出吹入另一滴灭菌培养液水滴中，反复称出洗涤几次，最后经镜检确认水滴中是要筛选的一个藻细胞之后，再接种试管中，或将含有藻细胞的一段毛细管用消毒镊子夹断，放入接种试管中。
  一般在96孔板每个孔接1~2个细胞个体。一般需要10天以上转接到24孔板。为了较长时期保存藻种，可将分离到的藻种用青霉素-硫酸链霉素（货号：SV30010，500~1000单位）处理后，获得较纯藻种。

此法操作技术要求高，要细心。往往吸取一个细胞，要反复几次才能成功，且适于分离个体较大藻类。
  2. 水滴分离法

用微吸管吸取稀释适度藻液，滴到消毒过载片上，水滴尽可能滴小些，要求在低倍镜视野中能看到水滴全部或大部分。一个载片上滴2~4滴，间隔一定距离，作直线排列。如一滴水中只有几个所需同种藻类个体，无其他生物混杂，即用吸管吸取培养液，把这滴水冲入装有培养液并经灭菌试管或小三角瓶中去。如未成功，需反复重做，直到达到目的。
  此法简便易行，尤其适宜于分离已在培养液中占优势种类。分离受少量生物污染培养液中的藻类多用此法。操作时同样要求细致、认真，使用工具及培养液经严格消毒。
  3. 稀释分离法

  把含有需要分离的藻类而又混杂有其他生物的水样，取其一定量，用培养液稀释。通过稀释到适宜程度的方法，达到把原混杂生物单个分离培养的目的。
  首先把水样稀释到每一滴含有一个左右的生物细胞（也可能一个都没有，也可能有两个），在稀释过程中配合显微镜检查，调节稀释度，然后准备装有1/4容量培养液的试管20支，每一试管加入稀释适宜水样一滴，摇匀，进行培养。待藻类生长繁殖达一定浓度时，再检查是否达到分离目的，若未达到，再重复做。
此法操作简单易行，但有一定程度盲目性，比不上水滴分离法效果好。

4. 琼脂平板法

对分离能运动的羽纹硅藻类、鞭毛型绿藻类最为适宜，方法易于掌握。按所要分离的藻类的特性，选用合适的培养液，在培养液中加入1~1.5%的琼脂，加热将琼脂溶化。加热后要加淡水补充蒸发掉的水分。然后，按照微生物学中固体培养基的制作方法倒平板、灭菌。

在无菌操作箱中，用接种针蘸取少量藻液，在固体培养基上划蛇形线，藻细胞就会散布在琼脂培养基的表面。

另一种使藻细胞散布在培养基表面的方法是用医用口腔喷雾器，将经稀释的藻液喷在培养基的表面。

将接种好的培养皿放在有适合的光照和温度的地方培养。一般经过十来天的培养就会在培养基上长出相互间隔的藻落。通过显微镜检查，找出所要的纯的藻落，再用已消毒的接种针从培养基上挑取藻体群落，移入经灭菌的培养液中培养。反复几次，就能得到纯种培养物。