一、慎重处理单胞藻培养用水
　　实验用藻种培养用水，必须要经过煮沸灭菌或者高压灭菌（110℃，20~30分钟），冷却至室温后再使用，在冷却过程中必须加盖，无盖的容器可用铝箔纸盖在瓶口。而二、三级藻类的培养用水可用化学方法来消毒，即在已经清洗过的池子中，放入经过沙滤或用脱脂棉过滤处理后的海水，再在池内海水中放入若干量的漂白粉，使池内海水中有效氯的含量为20～30毫克／升，充分搅拌均匀后经过8～10个小时的消毒，再进行强充气，一般曝气10小时左右，再加入等当量的硫代硫酸钠，来中和水体中可能残留的有效氯，并经测定水体中无残余有效氯后即可使用。
　　经过处理后的海水最好能在短时间内用完，尽量不要超过一天，以防止再次被污染。
二、容量和工具的消毒
　　作为藻种级培养用的三角烧瓶等容器，必须用加热煮沸或高压杀菌。作为生产性扩大培养用的玻璃瓶、水泥池等，通常用300～400毫克／升的高锰酸钾溶液或者含有效氯200～300毫克／升的漂白粉水溶液来浸泡消毒。具体的做法是：先用淡水或普通海水把容器或藻类池冲洗干净，再把容器或工具放入已配制好的高锰酸钾溶液(或漂白粉溶液)中浸泡5～10分钟，取出后用消毒过的海水冲洗干净即可使用。对藻类池的消毒，可用配制好的高锰酸钾溶液(或漂白粉溶液)由池壁顶部淋洒下来，并泼洒池底，过10分钟左右用消毒过的海水冲洗干净即可使用。
三、加大各级培养中的接种比例
　　一般藻种级培养接入的藻种与新培养液的比例为1∶1～3，中间培养或大面积培养，它们的比例为1∶5～10，这样藻液中可繁殖的单胞藻个数多，培养液中藻类增长速度快，缩短了培养时间，相对减少了污染。另一方面也利用了生物间的拮抗作用，增大了培养液中藻种的浓度，来抑制其他杂藻及敌害生物的繁殖，减少藻液被污染的可能性。
四、接种时间
　　在培养条光暗周期和昼夜节律基本一致的情况下，接种时间一般选择在上午10：00～下午4：00之间进行，不宜在晚上接种，因为晚上不少藻类沉在底部，而白天藻类进行光合作用，趋光上浮，便于观察其运动能力，还可起到选种的作用。
五、日常管理中应注意摇动
　　摇动可促进藻类的生长繁殖，其作用主要是：
　　第一，通过摇动增加水和空气的接触面，以补充由于藻类光合作用对二氧化碳的消耗；
　　第二，帮助沉淀的藻类细胞上浮而获得光照；
　　第三，防止水表面产生菌膜。摇动要定时进行，且注意更换方向，以免造成漩涡式水流使细胞集中到瓶底中部。同时摇动不要太猛，防止藻液溅出。

六、敌害防治
　　在单胞藻的培养中，敌害生物的污染和危害是造成藻类培养失败的主要原因。对敌害生物应“以防为主，防治结合”，尽可能减少其危害。预防措施预防应贯穿在藻类培养过程的各个环节。
　　首先，力求藻种及营养盐的纯度，控制源头污染；
　　其次，海水须经严格过滤消毒，器具及藻类培养池也需严格消毒，同时加大接种比例，抑制其他杂藻及敌害生物的繁殖，减少藻液被污染的可能性；
　　再则，在日常管理中，保持藻类室的干净卫生，以防灰尘及昆虫等的污染。

　　消除、抑制或杀灭敌害生物方法：
　　一是使用过滤方法清除大型敌害生物。单胞藻都很小，对污染的大型敌害生物(如轮虫等)，可以用过滤方法清除。通常清除轮虫可用网孔小于60微米的筛绢过滤，经一次过滤可以清除轮虫的成体，而轮虫卵和正在发育的幼小个体不能完全清除，所以必须连续过滤3天，每天1次。待第一次过滤后存留下来的卵和幼小个体发育成长为成体后，在第二次或第三次过滤时清除掉。
　　二是使用药物抑制或杀灭敌害生物。用于抑制或杀灭敌害生物的药物，有化学药品和中草药两大类。但往往由于敌害生物对药物的抵抗力比培养藻类强，效果不理想。目前，有效的药物方法还不多，药物杀灭敌害生物虽然取得一些初步效果，但还需进一步试验。
　　三是改变环境条件杀灭敌害生物。使用此法必须了解培养的藻类和敌害生物对生态因子的适应范围，然后根据具体情况，改变某一环境因素，达到杀灭敌害生物而又保存培养藻类的目的。

 参考自：http://www.foodmate.net/tech/zhongyang/3/34477.html